40岁以上、来自食管癌高发区的患者因为吞咽困难就诊时，应首先考虑食管癌的可能性，医生会了解吞咽困难的进展情况、体重变化、有无声音嘶哑、呛咳、呕血或黑便，并检查锁骨上淋巴结有无肿大。辅助检查在食管癌诊断中具有重要作用，通常有以下方法。
内镜检查
只要患者没有内镜检查的禁忌证（指一些不适于采用某种诊治措施的疾病或情况），应该作内镜检查，尽早获得病理学依据。内镜是直视下确定食管癌的最佳方法，同时通过内镜可获取组织进行活检（从患者体内切取、钳取或穿刺等取出病变组织，进行病理学检查的技术），明确组织病理诊断，这是确诊食管癌的金标准，也是患者进行放疗、化疗的必备诊断要求。
食管吞钡造影
这是食管癌患者的常规检查。中期食管癌典型的X线表现为食管管腔狭窄、病变段食管僵硬等。
胸部CT检查
食管癌的CT检查结果能发现双侧胸腔之间有无淋巴结肿大及肺部转移。通过注射造影剂的增强CT扫描，有助于判断食管癌对邻近脏器的侵犯情况，了解肿瘤分期，判断肿块能否切除，对合理制定食管癌治疗方案有一定帮助。
此外，与食管癌症状相似的疾病有很多。例如，吞咽哽咽、咽部干燥与紧缩、吞咽异物感和胸骨后闷胀不适等与早期食管癌表现比较相似，而上消化道出血、恶液质、肿瘤侵犯等引起的症状可能与中晚期食管癌表现比较相似，医生会根据具体情况，选择适当的检查手段进行鉴别。
患者初诊时必要做的检查项目：
食管癌患者初诊时必须要做的检查项目包括抽血检查（血常规、血型、凝血功能、肝肾功能、病毒指标和肿瘤标志物等），胸部正侧位片、胸部及上腹部CT扫描，胃镜及超声胃镜、上消化道造影，颈部及腹部B超，心电图，肺功能等。
如果患者有特殊症状，可能还要加做磁共振成像(MRI)或骨扫描等检查。
检查目的包括三个方面：获得确切的食管癌诊断、明确病变的发展范围、了解患者的全身机能状况，医生会根据这三个方面的情况为患者制订个体化的治疗方案。